Annotations lost... (Zotero 6.0.25)

2
  • Hello dstillmann, here we may have the root of the problem. The file does not "load" (even after an hour there was no progress). What shall I do?
  • First, remove the parent item from the trash so you don't delete it.

    Then restart Zotero and provide a Debug ID for trying to open that file.
  • Is that what you expected? D1930016890
  • (3)(+0001468): Viewing attachment 1/XP945XP4

    (3)(+0000003): Opening C:\Users\[…]\Documents\[…]\zotero\graeter12.pdf

    (3)(+0000000): Notifier.trigger('open', 'file', [728]) called [observers: 4]

    […]

    (3)(+0105894): Submitting debug output
    And what exactly is happening on screen?
  • edited April 25, 2023
    If you right-click and select Show File, can you open the file outside of Zotero in another PDF reader? (You won't see annotations there.)
  • And my second question?
  • If the file is corrupt, you should just do Show File and swap in a working copy of it. As long as it’s the exact same file, the annotations should be in the right place.
  • The file also doesn't open when I open it with another PDF program. Where should I "replace" the file? In "My Library" or in the linked folder (C:/User.../meta/zotero)?
  • Hi dstillman, I've tried the change (as suggested by me). They did not lead to success.
  • Hast Du eine Version des Files greater12.pdf die in einem externen PDF Reader geöffnet werden kann? Wenn ja, nimm diese Version und kopiere sie in den Ordner meta/zotero (also in Windows Explorer, nicht in Zotero selbst) und überschreibe die aktuelle Version.
    Den File umzubenennen funktioniert nicht. Zotero sucht nach dem alten Dateinamen.
  • Hallo adamsmith, in dem wie unten ist diese Datei schon zu sehen. Diese lässt sich auch öffnen. Soll ich diesen nun erneut in den Ordner kopieren und dann mit greater1988 benennen? Was mache ich mit der "alten" Datei "greater1988"?
  • Wenn ich das richtig verstehe willst Du aber doch die greater12 Datei öffnen? Das ist die Datei die Du ursprünglich annotiert hast.
    Kannst Du die Datei in dem Ordner /meta/zotero mit einem externen PDF Reader öffnen? Wenn ja, was passiert wenn Du das entsprechende PDF aus Zotero raus öffnest.
  • Wenn ich das richtig verstehe willst Du aber doch die greater12 Datei öffnen? Das ist die Datei die Du ursprünglich annotiert hast.
    -> Nicht unbedingt. Gearbeitet habe ich ursprünglich in greater1988. Bis sich diese nicht mehr "öffnen" ließ. Dann habe ich "herumprobiert" und dabei die greater12 kopiert. Hier ist lediglich der Buchtext ohne Anmerkungen und Markierungen enthalten. Dstillman gab mir aber die Information, dass meine Notizen an greater12 "hängen" sollen.
    Kannst Du die Datei in dem Ordner /meta/zotero mit einem externen PDF Reader öffnen?
    -> Ja
    Wenn ja, was passiert wenn Du das entsprechende PDF aus Zotero raus öffnest.
    -> Ich habe nun greater12 in Zotero (und das Buch/die parent-file) hineinkopiert. Die Datei lässt sich dort öffnen. Anmerkungen/Markierungen gibt es aber keine...
  • -> Ich habe nun greater12 in Zotero (und das Buch/die parent-file) hineinkopiert. Die Datei lässt sich dort öffnen. Anmerkungen/Markierungen gibt es aber keine...
    Nein, die Annotierungen hängen nicht an einer Datei sondern an einem Zotero Eintrag. Genau den müsstest Du wieder öffnen.
    Die Datei neu hinzuzufügen bringt gar nichts.

    Aber sag mal, ist das wirklich die Zeit wert die wir hier damit verbringen? Wir sind uns ziemlich sicher, dass nichts in Zotero schiefgelaufen ist, dass das also kein allgemeines Problem ist, sonder ein Missverständnis, dass dadurch dass Du alles mögliche rumprobiert hast noch schwieriger ist aufzudröseln. Wenn ich das richtig verstanden habe, geht es um ein gutes Dutzend Notizen. Sind die nicht langsam schneller neu gemacht?
  • Alles gut. Ich meine, ich hatte schon ein paar mehr Anmerkungen gemacht, aber ja, diese kann ich gut und gern noch einmal machen. Mein "Thema" eher folgendes: Ich schwöre, dass ich an der besagten Datei bzw. dem ganzen Setting nichts geändert habe. Dennoch ließ sich die Datei eines Tages nicht mehr öffnen. Mich beschäftigt vielmehr die Sorge, dass mir das wieder geschieht, sodass ich sehr gerne die Ursache dafür kennen möchte. Warum also kam es dazu, dass die Datei nicht mehr "geladen" wurde. War sie eventuell "zu groß"? Kann das wieder geschehen? Ich hoffe, Du verstehst meine Sorge.
  • Ein 130MB großes PDF ist definitiv auf der großen Seite, ja -- grundsätzlich sollte es sich aber weiter öffnen lassen wenn es einmal aufgeht, aber wenn Du die Möglichkeit hast PDFs zu optimieren bevor Du sie in Zotero importierst ist das allgemein besser.
    Hier scheint allerdings auch was anderes passiert zu sein -- wenn auch ein externer PDF Reader das PDF nicht mehr aufmachen kann, muss es sich irgendwie geändert haben, und das macht Zotero nicht (denn die Annotierungen werden eben gerade nicht ins PDF geschrieben). Ich sehe die OCR Dateien in dem Ordner, kann das was schiefgelaufen sein?

    Die nächste größere Version von Zotero (Zotero 7) wird etwas besser mit großen PDFs umgehen können, aber grundsätzlich gilt das Gleiche wohl auch da.
  • Danke für Deine Unterstützung adamsmith, ich habe diverse Erweiterungen installiert, um OCR-Funktionalität zu bekommen und Zotero mit Obsidian zu verbinden. Was "OCR" anbelangt, habe ich das bei "Greater" wirklich getestet; die Ursprungsdatei aber nicht gelöscht. Angesichts der gewonnen Erkenntnisse ist es nicht erforderlich, hier weiter zu machen. Eine Frage aber noch zum Schluss; aktuell arbeite ich mit einer "Kopie" des benannten "Buches". Kann ich die Datei dort komprimieren, ohne Schaden anzurichten?
  • Ja -- sicherheitshalber halt eine unkomprimierter Kopie behalten, wenn was beim komprimieren schief geht, kann man die dann halt wieder austauschen.

    Und damit es da nicht wieder Missverständnisse gibt nochmal: Zotero merkt sich die Annotierungen im Bezug auf den Anhangseintrag in Zotero.. Wenn Du auf den klickst, öffnet Zotero die Datei die Du mittels "Show File/Datei anzeigen" im Windows Explorer sehen kannst. Das heißt, wenn Du in Zotero den Anhang löscht, oder eine Kopie davon machst etc., dann siehst Du die Annotierungen nichtmehr. Hingegen kannst Du die Datei in *Windows* überschreiben (also etwa mit einer komprimierten Kopie) und solange das PDF vom Layout und Inhalt identisch ist bleiben die Annotierungen erhalten.
  • Lieber adamsmith, danke für Deine Ausführungen. Bitte erlaube mir diese Verständnisfragen:
    1. Anhangseintrag in Zotero = bspw. "greater1988"?
    2. PDF vom Layout und Inhalt identisch ist = wie darf ich als Amateur die Begriffe "Layout" und "Inhalt" verstehen

    Wenn ich das verstanden habe, bin ich sicher einen wesentlichen Schritte weiter :-)
  • 1. Der Anhang in Zotero ist das PDF Icon, dass Du in der mittleren Spalte siehst. Das hat in der Zotero Datenbank eine eigene ID (der Buchstaben/zahlen Mix den dstillman Dir gegeben hat um es zu finden) und beschreibt wo Zotero die angehängte Datei erwartet. Wenn Du nochmal die genau gleiche Datei in Zotero hast, ist das ein anderer Datenbankeintrag, andere ID usw. Insofern is "greater1988" nicht ganz richtig, denn das könnte es ja mehrfach geben.
    2. Wenn für Dich kein sichtbarer Unterschied besteht. Zotero speichert Annotierungen anhand ihrer Position auf der xten Seite im PDF. Wenn an der Position was anderes ist als ursprünglich, fangen Dinge an schief zu gehen.
  • Danke für die ausführliche Erklärung. Heißt, dass ich mit "Datei anzeigen" an den Speicherort gelange, in dem alle Informationen (pdf; Notizen; Markierungen) liegen. Für die - funktionierende - Variante, dann also hier: C:\Users\BirgerBlum\Zotero\storage\XB2KX24E ....??
  • Hallo @adamsmith, ich muss mich in dieser Sache leider noch einmal melden: Nun habe ich in dem Buch, welches ich (wie oben erläutert) als "Backup" angelegt habe (dort finden sich sehr viele Markierungen und Notizen) dieselben Probleme, wie oben als ursprüngliche Fehlermeldung benannt. Das heißt: Die Datei öffnet sich (im Fenster steht "Lädt..") langsam (> 3 min.). Dann erscheint schließlich der Text mit Anmerkungen. Gleichzeitig "hängt" sich "Zotero" auf ("Zotero (Keine Rückmeldung)"). Ich konnte das Problem durch "Neustart" etc. nicht lösen.

    Da ich fürchte, hier wiederum alle Notizen zu verlieren, bitte ich inständig um Hilfe!!

    Herzlichen Dank!
  • Hier noch das Logging: D823853656 -Hinweis dazu: Am oberen Rand des Bildschirms befindet sich ein "roter Streifen" mit dem Text "Fehler: " Mehr Informationen" -> Diese Informationen sind: "PDF.js Version 2.8.0 (build: fdde957) Nachricht: undefined"
    Dieser Sachverhalt ist übrigens seiner Zeit genauso passiert.
  • [JavaScript Error: "out of memory"]
    The file is too big to open. Disable all third-party plugins, close all other open tabs, restart Zotero, and try again. It might also help to restart your computer.

    If you've opened it previously on another computer, you can try on that computer.

    Otherwise, your best option would be to recompress the file — which I'd guess has large scanned images — using Acrobat or similar so that it's less large, without changing the number of pages, etc.

    Alternatively, you can open it on a Mac or Linux computer, which won't have this problem, or wait for the Zotero 7 beta, which should be out soon and should improve handling of very large files, particularly on Windows.
  • Hello back dstillman, thanks for your remarks. The file is only 130 MB in size (I can't get it any smaller). I have another guess: I made a lot of "markings" (i.e. "screenshots" in the text, because the text is not OCR-capable). Could it be that these marks are "too big"?
  • You can almost certainly get it smaller — e.g., you could drop the resolution way down, convert it to grayscale, etc.

    This isn't about annotations you've made in the file.

    But you can also try just right-clicking on the attachment in the items list and selecting Add Note from Annotations. Zotero might be able to create a note from your annotations without opening the file in the PDF reader.

    Otherwise, though, you'll need to do the things I suggest above.
  • Hello dstillman, what had to come came: after I closed the pdf, it doesn't open at all (after a waiting time of 10 minutes). I tried to reduce the file size with PDF24 (130 MB -> 117 MB). That doesn't change anything either. Now I am very desperate. One solution is to disable the third-party plugin. Which could be the problem: Betterbib or OCR integration. I'm really desperate now...
  • You need to actually do the things I suggest and respond to the things I say.
Sign In or Register to comment.